部分真空凍干機廠家生產的凍干機擱板溫度不均勻，造成凍干產品含水率不均勻，產品殘余含水量的合格率受影響。造成溫度不均勻的原因可能：
  1、擱板溫度的測定與控制以熱媒體進（出）口處為主參數，而且實際擱板表面溫度均勻性、擱板與擱板之間的溫度差是否真正達到標準要求仍是一個需探討的課題？溫度的均勻性需要進行滿足相應工藝要求的驗證。所以，經常有一些用戶反映的凍干小瓶內殘余含水量不一致，有的相差很大，沒有達到產品設計殘余含水量標準，這里當然還有其它方面因素。
  2、擱板結構設計是否符合熱傳導特性？在制造上，擱板表面的平整度如從整體平板表面上進行直尺測量似乎在設計要求內，實際上在局部部位會存在著不理想之處，如擱板表面塞焊點位置打磨后有“凹痕”和另一面內部折流條間斷焊所產生的熱脹冷縮后外平面形成“凹痕”，這種加工工藝直接影響擱板至制品/托盤的熱傳導性能。現在國內有些廠家的擱板結構設計表面無塞焊點、且由新工藝處理，表面經特殊工藝處理后非常平整，無需進行機械切削所帶來的熱應力所致變形，這是值得國內一些廠家借助與啟發。
  3、加熱（冷）媒體傳熱特性、或者流程設計有些欠缺，熱媒體總管至每塊擱板的流量均勻性是否基本一致也是一門值得研究的課題。熱媒總管分配設計可以參照板式熱交換器流量分配方式，或把多根軟管較集中在一起。
  4、受干燥箱體壁面溫度或托盤壁面溫度的輻射熱和傳導熱影響，導致擱板上溫度場成上凹拋物線，即擱板周邊制品升華速率約是中間部分的2倍左右，這是國內凍干機制造商所存在的缺陷。國外一家日本公司采用“壁面溫度控制技術”基本上解決這一問題，這一技術就是箱體與擱板組件之間加一可進行制冷或加熱的換熱管，其溫度變化跟蹤于擱板溫度即兩者溫度保持一致，使制品凍干質量再現性（即重復性）一致，避免箱體壁面溫度對擱板溫度輻射熱的影響，但設備成本大大增加。
  5、有的用戶凍干小瓶沒有用可抽屜式托盤框、或散裝溶液時托盤。這種托盤是由不銹鋼材料制作的，在凍干時長時間地受熱脹冷縮而發生熱變形。現在國外已開始應用無菌薄膜成形的托盤例子。